История вуза начинается в 1993 г., когда он представлял собой один из факультетов Военной академии РБ.
Подготовка профессиональных пограничников в Институте пограничной службы РБ основывается на принципах всестороннего развития и комплексного подхода. Вуз предлагает обучение по четырем направлениям, которых охватывают пограничную службу и контроль, идеологическую составляющую и оперативную деятельность.